Indonesia memiliki keanekaragaman hayati terkaya di dunia dan dianggap sebagai pusat keanekaragaman hayati laut di kawasan terumbu karang dunia (Coral Triangle). Adanya ancaman terhadap keanekaragaman tersebut, maka COREMAP CTI hendak mewujudkan manajemen ekosistem terumbu karang yang berkelanjutan di bentang laut Lesser Sunda melalui peningkatan kapasitas untuk mengelola ekosistem terumbu karang di kawasan konservasi perairan yang ditargetkan.